Kvalita pitnej vody závisí vo veľkej miere od kvality vodárenského zdroja. Na Slovensku sú na odber pre pitnú vodu využívané podzemné a povrchové vody. Najkvalitnejším zdrojom vody je podzemná voda, ktorá je menej vystavená negatívnym vplyvom znečistenia ako povrchová voda a preto je menej náročná na úpravu na pitnú vodu. Hoci SR disponuje bohatými zásobami podzemných vôd, ich nevýhodou je ich nerovnomerné rozloženie v rámci územia SR, s čím súvisí aj ich nedostupnosť v niektorých regiónoch SR. Napríklad, v Bratislavskom, Trnavskom a Nitrianskom kraji sú na zásobovanie pitnou vodou využívané iba podzemné vodárenské zdroje. V ostatných krajoch sú na zásobovanie obyvateľov pitnou vodou využívané podzemné i povrchové zdroje vody.
- Podzemná voda tvorí 82,2 % zdrojov pitnej vody v SR
- Povrchová voda tvorí 17,8 % zdrojov pitnej vody v SR.
Slovensko má najväčšiu prirodzenú zásobáreň podzemnej vody v strednej Európe. Je ňou Žitný ostrov, ktorý predstavuje nádrž statických podzemných vôd s akumuláciou vyše 15 tis. m3 pomerne kvalitnej vody, s využiteľným množstvom 24,8 m3.s-1 (k 31. 12. 2007). Z tejto využiteľnej kapacity pitnej vody by bolo možné pri priemernej špecifickej spotrebe 130 l.s-1 zásobovať viac ako 13,5 mil. obyvateľov. V súčasnosti sa zo zdrojov Žitného ostrova celkovo využíva 2 415 l.s-1, z toho pre vodovody 1 234 l.s-1.
Z výsledkov hodnotiacej správy NRC za rok 2007 vyplýva, že najčastejšie sa analyzujú mikrobiologické ukazovatele. Najvyššie prekročenie limitných hodnôt sa zistilo v epidemiologicky významných ukazovateľoch ako sú koliformné baktérie (6,2 %), enterokoky (3,7 %) a Escherichia coli (3 %). Zo senzorických ukazovateľov vykazovali najvyššie prekračovanie limitných hodnôt teplota (23,5 %), nasýtenie vody kyslíkom (8 %) a železo (8 %). Nedostatky v dezinfekcii vody sa zistili v 25,4 % z celkového počtu laboratórnych analýz (4 600) ukazovateľa voľný chlór. Medzi najčastejšie stanovované chemické ukazovatele patria v rámci monitoringu kvality pitnej vody dusitany a dusičnany. V roku 2007 sa vykonalo 6 383 laboratórnych skúšok na obsah dusičnanov vo vzorkách pitnej vody. Koncentrácia dusičnanov prekročila limitnú hodnotu v 0,85 % a to predovšetkým v menších obecných vodovodoch. Z vybraných ťažkých kovov sa zistila prítomnosť antimónu a arzénu v pitnej vode v niektorých oblastiach Slovenska.