Ministerstvo životného prostredia SR ako ústredný orgán štátnej vodnej správy a vodného hospodárstva podľa § 59 zákona č. 364/2004 Z. z. o vodách a o zmene a doplnení zákona Slovenskej národnej rady č. 372/1990 Zb. o priestupkoch a znení neskorších predpisov
- vykonáva štátnu vodnú správu podľa tohto zákona a riadi jej výkon,
- zabezpečuje zisťovanie výskytu a hodnotenie stavu povrchových vôd a podzemných vôd a určovanie environmentálnych cieľov,
- vypracúva program opatrení a časový rozvrh ich realizácie na účely zlepšenia kvality povrchových vôd určených na odbery pre pitnú vodu,
- vydáva vyjadrenie k investičnej činnosti, ktorá môže významným spôsobom ovplyvniť nakladanie s vodami, ochranu vôd a vodných pomerov,
- plní úlohy vyplývajúce z členstva Slovenskej republiky v Európskej únii vo vodnom plánovaní, zabezpečuje koordináciu týchto úloh s príslušnými ústrednými orgánmi štátnej správy a podáva správy o plnení úloh vyplývajúcich z právnych aktov Európskeho spoločenstva a Európskej únie v oblasti:
- a) určenia orgánov štátnej vodnej správy a ich pôsobností v procese vodného plánovania,
- b) vypracovania analýz charakteristík čiastkových povodí, zhodnotenia vplyvov ľudských činností na stav povrchových vôd a stav podzemných vôd a vypracovania ekonomických analýz nakladania s vodami,
- c) sledovania a hodnotenia stavu povrchových vôd a stavu podzemných vôd a chránených území podľa programov monitorovania,
- d) vodného plánovania a uplatňovania programov opatrení do troch mesiacov od ich zverejnenia alebo ich aktualizácie.
Ďalšie kompetencie MŽP SR týkajúce sa pitných vôd určuje zákon č. 442/2002 Z. z. o verejných vodovodoch a verejných kanalizáciách a o zmene a doplnení zákona č. 276/2001 Z. z. o regulácii v sieťových odvetviach v znení neskorších predpisov. Podľa § 36 ods. 3 tohto zákona MŽP SR
- riadi výkon štátnej správy vykonávanej krajskými úradmi a okresnými úradmi na úseku verejných vodovodov,
- zabezpečuje vypracovanie, vyhodnocovanie a aktualizovanie plánu rozvoja verejných vodovodov pre územie Slovenskej republiky,
- schvaľuje plány rozvoja verejných vodovodov pre územie kraja,
- zabezpečuje budovanie, riadenie, spravovanie a aktualizovanie štátneho monitorovacieho a informačného systému o verejných vodovodoch, o využívaných vodných zdrojoch a zdrojoch vhodných na potenciálne využitie pre verejné vodovody; touto činnosťou môže poveriť právnickú osobu, ktorá má v predmete činnosti budovanie a spravovanie informačných systémov vo vodnom hospodárstve,
- zabezpečuje spracovanie a zverejnenie situačných správ na úseku verejných vodovodov,
- vydáva rozhodnutia o pásmach ochrany verejných vodovodov nad priemer 500 mm,
- vyjadruje sa k investičnej činnosti, ak ovplyvňuje využitie významných zdrojov vôd vhodných na verejné zásobovanie väčších územných celkov,
- zabezpečuje vedenie centrálnej evidencie o verejných vodovodoch,
- zabezpečuje medzinárodnú spoluprácu v oblasti verejných vodovodov,
- usmerňuje, prípadne zabezpečuje financovanie výskumu na úseku verejných vodovodov,
- určuje odborné požiadavky pre osoby, ktoré môžu prevádzkovať verejný vodovod.