Úlohou Ministerstva zdravotníctva SR v problematike súvisiacej s pitnou vodou je:
- určovanie priorít na úseku štátnej zdravotnej politiky na úseku verejného zdravia (zákon č. 355/2007 Z. z. , § 4 písm. a)),
- koordinácia spolupráce ústredných orgánov štátnej správy a medzinárodná koordinácia na úseku verejného zdravia (zákon č. 355/2007 Z. z., § 4 písm. b)),
- vytváranie podmienok na integráciu a koordináciu informačných systémov o verejnom zdraví (zákon č. 355/2007 Z. z., § 4 písm. e)),
- schválenie zriadenia národných referenčných centier a vedeniu ich zoznamu (zákon č. 355/2007 Z. z., § 4 písm. f)),
- kontrola výkonu verejného zdravotníctva v SR (zákon č. 355/2007 Z. z., § 4 písm. j)).